De 1530 a 1560 aproximadamente tuvo lugar lo que puede llamarse la consolidación de la conquista. Comparada con la anterior fue una etapa tranquila, pero, aun así, de gran efervescencia. Los párrafos siguientes resumen lo más relevante de esos años. En primer lugar, y de manera muy general, debe anotarse la instauración de un periodo de paz. Esto fue consecuencia del fin de las casi constantes guerras entre los señoríos, de la conclusión de los aspectos militares de la conquista, y del cese de las pugnas armadas entre los españoles, pero también se debió al acierto de haberse recurrido al sistema de dominación indirecta referido atrás. Excepciones a esta cronología se dieron en Yucatán, donde el proceso de la conquista fue más tardío y dilatado, y en Nueva Galicia, donde la agresiva política de Guzmán provocó la sangrienta rebelión de los caxcanes, o guerra del Mixtón (1540-1542, al norte del actual Jalisco). Un segundo aspecto de la consolidación de la conquista se hizo patente, paradójicamente, en el desplazamiento de los conquistadores de las posiciones formales de poder y su remplazo por funcionarios letrados (o al menos de comportamiento más civilizado) en las esferas más altas del gobierno. Esto, que equivalía al establecimiento de un gobierno civil, provocó resentimiento entre los conquistadores, pero la corona se impuso y se hizo representar a partir de 1535 por la figura de más autoridad que se pudo encontrar: un virrey (literalmente, un vice-rey). La mayoría de los virreyes habría de provenir de la alta nobleza castellana.
La consolidación de la conquista se dejó ver también en el acomodo de los señoríos –las unidades básicas de la organización política prehispánica– al sistema colonial. Se trata de un proceso complejo que se vio influido por diversas circunstancias, entre las cuales la de mayor relieve fue una nueva gran epidemia que se presentó a partir de 1545. Esta vez fue de sarampión, otra enfermedad igualmente desconocida en tierras mesoamericanas, que causó un segundo y probablemente más devastador desplome de su población. Independientemente de esta tragedia, el acomodo de los señoríos al sistema colonial implicó cambios profundos que pueden entenderse, hasta cierto punto, como el precio que tuvieron que pagar por su subsistencia. Entre los señoríos había enormes diferencias que reflejaban su compleja y variada historia prehispánica, pero los españoles se propusieron borrarlas –en parte por su incapacidad de comprenderlas y en parte por su deseo de homogeneizar el panorama novohispano–. Para lograr este fin tomaron varias medidas. La primera fue imponer a los señoríos una organización corporativa inspirada en los cabildos castellanos, lo cual tenía cierta lógica dado que unos y otros eran reconocidos como cuerpos políticos con personalidad jurídica, términos territoriales y relativa autonomía. Parte de este acomodo se reflejó en el hecho de que a los señoríos se les redefinió, como ya quedó dicho, bajo el concepto de pueblos de indios (aunque también se conservó la forma náhuatl altépetl y los equivalentes en otras lenguas). Los cabildos de los pueblos de indios fueron denominados cuerpos de república e integrados con alcaldes y regidores más o menos a semejanza de sus contrapartes españolas.
Tales cargos estuvieron reservados a personajes nobles o de linaje ilustre (los llamados principales), y un puesto adicional, el de gobernador, se destinó a los caciques. Se diseñó un sistema restringido de elecciones para permitir la rotación de diferentes grupos o intereses, y también se fomentó la creación de una tesorería o caja de comunidad, si bien ésta no adquirió sentido sino poco a poco, conforme se generalizaba el uso de la moneda. Dependiendo del caso, todo esto pudo significar poco más que un cambio de nombre frente a las prácticas prehispánicas, o bien una transformación verdaderamente conflictiva. La segunda medida fue uniformar las cargas tributarias buscando el ideal de que cada cabeza de familia de un pueblo de indios pagase a su encomendero, o en algunos de ellos directamente a la corona, un peso y media fanega de maíz al año o su equivalente (esto sin contar otras cargas locales que subsistieron). Los ajustes llevaron mucho tiempo (pues, una vez más, primero tuvo que generalizarse el uso de la moneda) y, como era de esperarse, sus efectos fueron muy diferentes, según el caso, en la población ordinaria. Por lo regular los nobles y principales estuvieron exentos de estas cargas, e igualmente sus dependientes personales (mayeques), que en algunos pueblos eran casi tan numerosos como los tributarios formales (macehuales). La tercera medida fue inducir o presionar a los pueblos de indios a congregar a sus habitantes en asentamientos de tipo urbano –el origen de los poblados con plaza central, iglesia prominente y calles rectas, tal como subsisten hasta la fecha–. Por lo regular, en cada pueblo de indios se formaron varias localidades con estos rasgos, la principal de las cuales se denominó cabecera y las otras sujetos. Esto, en los primeros años, no se logró sino muy lentamente, pero al final fue uno de los factores que más pesaron en el acomodo de los pueblos de indios al sistema colonial y en su gradual transformación. El desarrollo de la evangelización estuvo muy ligado a lo anterior porque los frailes doctrineros no fueron ajenos a los ajustes mencionados.
No se olvide que los pueblos de indios constituyeron la base operativa de los religiosos, de modo que éstos planearon establecer un convento con su respectivo templo en cada uno de los pueblos (preferentemente en la cabecera) y fomentaron el culto de un santo específico en cada localidad; además, intervinieron en las elecciones de los cuerpos de república y canalizaron gran parte de las cargas tributarias hacia los gastos del culto. Todo esto contribuyó a reforzar una nueva identidad para los pueblos de indios y a resaltar el papel central que se daba a la Iglesia. Con esta estructura a su servicio, y ayudándose con el adoctrinamiento de los niños y el relevo generacional, los frailes lograron (a veces con violencia) la supresión o marginación de los ritos y los sacerdotes prehispánicos. Pero al mismo tiempo consolidaron los aspectos positivos de su obra con labores de difusión cultural y con estudios históricos y lingüísticos de gran valor, como puede verse en las obras de fray Toribio deMotolinía y fray Bernardino de Sahagún. También empezaron a edificar sus monumentales y hermosas construcciones conventuales, concebidas para albergar a multitud de gente y desempeñar las funciones que formaban parte de su proyecto de conquista y aculturación. En otro orden de cosas, un aspecto más de la etapa de consolidación de la conquista fue el afianzamiento de lazos con el mundo exterior, aunque de manera limitada. Dado que la metrópoli no permitió que sus posesiones americanas gozaran de libertad en este sentido, los movimientos de personas, bienes y noticias estuvieron muy controlados y sometidos a restricciones, cuotas y rutas establecidas. En España el único puerto autorizado a mantener el enlace con América fue Sevilla; en Nueva España ese privilegio exclusivo le fue dado a Veracruz. En contraste, el comercio por el Pacífico fue más libre, y Nueva España estableció muy pronto enlaces con Perú sirviéndose de puertos como Huatulco y Acapulco.
A pesar de las restricciones, la inmigración de pobladores españoles fue considerable y los llevó a sumar unos 20000 a mediados del siglo. Se concentraron principalmente en regiones del interior (donde establecieron ciudades como Antequera de Oaxaca y Valladolid de Michoacán), evitando las zonas serranas y costeras. Junto con México y Puebla (más Guadalajara en Nueva Galicia y Mérida en Yucatán) esas ciudades se consolidaron como centros económicos y de poder. En cada una se establecieron un cabildo y una catedral con su respectivo obispo (y otro cabildo, el eclesiástico), se levantaron edificios de tipo europeo y se desarrollaron estilos culturales propios. La ciudad de México se mantuvo a la cabeza, no sólo por su primacía política sino también por su importancia económica y cultural (abrió su propia universidad en 1553), pero todas las ciudades por igual extendieron su influencia sobre áreas equiparables delimitadas por sus respectivos obispados. De estas áreas se derivarían, tiempo después, varias de las intendencias de la época colonial tardía y luego los estados de la República. Concomitante con lo anterior fue el surgimiento del mestizaje tanto en su expresión biológica como en la cultural. Aunque por parte de algunos (especialmente los frailes) hubo oposición al contacto entre indios y españoles, y aunque la legislación recalcó siempre la diferencia entre unos y otros, el hecho fue que las dos poblaciones establecieron pronto una estrecha relación. Las relaciones sexuales informales fueron mayoría, pero también hubo matrimonios reconocidos, sobre todo entre españoles e indias de buena posición. Ya para 1550 el náhuatl y otras lenguas se daban con fluidez entre muchos pobladores españoles. En contrapartida, no pocos caciques y nobles se hispanizaron prontamente, y algunas escuelas religiosas pusieron aspectos sofisticados de la cultura europea, como la retórica latina, al alcance de las elites indígenas (si bien sólo por un breve tiempo).
Además, debe añadirse a esto la incorporación de un numeroso contingente de africanos (unos 15 000 a mediados del siglo) traídos a Nueva España como esclavos. En su gran mayoría eran varones y su mezcla con las indias fue inmediata. El desarrollo del mestizaje corrió parejo con la introducción de actividades económicas nuevas en el contexto mesoamericano, cuyos efectos se dejaron sentir tanto hacia el interior como hacia el exterior. Dentro, su detonante estuvo en la ganadería (sobre todo la cría de vacunos y ovinos), la producción de trigo y azúcar, la cría del gusano de seda y la explotación de minas de plata –todo lo cual llevó a profundas transformaciones de índole ambiental; fuera, en el comercio con España y Perú, que involucraba el intercambio de plata, colorantes y manufacturas (textiles, herramientas, muebles)–. Al mismo tiempo surgió un mercado de trabajo (sobre todo en los medios urbanos), se crearon nuevos medios de transporte (con la arriería como práctica dominante), y se difundió el uso de la moneda, acuñada en México desde 1536. Con ello se sembró el germen de una economía capitalista y se introdujo a Nueva España en los circuitos mundiales de intercambio. La demanda de una creciente población española y la apertura de nuevos circuitos comerciales alentaron el surgimiento de un tipo especial de empresas agropecuarias dotadas de sólida infraestructura, mano de obra residente, rigurosa organización y un claro propósito de lucro. Los ingenios de azúcar de los alrededores de Cuernavaca, cuya fuerza de trabajo original estuvo constituida en gran parte por esclavos de origen africano, fueron el primer ejemplo de ello.
En estas empresas puede verse una forma embrionaria de las haciendas que tanta significación habrían de tener en el medio rural novohispano. El último rasgo que debe asociarse a la etapa de consolidación de la conquista fue el comienzo de la expansión al Norte. Ésta se inició con diversas incursiones o exploraciones, algunas de ellas alimentadas por la ilusión de encontrar las riquezas que se atribuían a unas imaginarias “siete ciudades de Cíbola” situadas en algún lugar del centro del continente, pero su gran detonador fue el descubrimiento de minas de plata en Zacatecas, dentro del territorio de Nueva Galicia, en 1548. Este hecho atrajo a dicha localidad y a su entorno (áreas previamente ocupadas sólo por tribus de cazadores y recolectores) gran cantidad de pobladores de todo tipo, lo que propició el tendido de caminos, la apertura de áreas de cultivo, y una llamativa expansión de la ganadería.